Когда свободное место на диске вдруг неожиданно закончилось встает закономерный вопрос «Кто виноват и что делать?»
Рассмотрим на конкретном примере.

[root@kl ~]#du -h -d 1 /

Видим, что максимальный размер занимает каталог /var — 57G. Идем дальше:
[root@kl ~]#du -h -d 1 /var/

Теперь это /var/log

[root@kl ~]#du -h -d 1 /var/log/

Как видно место «отжирают» логи mysql
Заходим в каталог и видим что не настроена ротация лог-файла и все «валиться» в один единственный файл с момента запуска сервиса.